проверка соответствия монтажных схем принципиальным

Как можно включить в локальные сметы на ПНР, составленные базисно-индексным методом, проверку соответствия монтажных схем принципиальным схемам и внесение изменений в монтажные схемы:
• в процентном отношении от выполненных работ;
• расчетом?

Никак нельзя включить. Это - не пусконаладочные работы. А проектные, вызванные ошибками при проектировании, которые полагается бесплатно устранить. Кто в графе "Пров." монтажной схемы подпись поставил - его и ошибка.

имеется ввиду не исправление проектных схем, а проверка соответствия монтажных схем в изделии принципиальной или монтажной схемам. Эти работы всегда предшествуют пусконаладочным работам, но в расценках (ТЕРп01 , тех.часть) не учтены. При этом ошибок в изделии может и не быть, но перед первым включением необходимо обязательно убедиться в отсутствии ошибок.

Почитайте не только ТЧ ФЕРп, но и МДС81.27-2007 / МДС81.40-2006. Пункт 1.13, "состав ПНР, учтённых нормами". Рассматриваемый случай прописан в составе ПНР, учтённых сметными нормами. Это первый этап комплекса ПНР по таблице ТЧ ФЕРп1. Если есть несоответствия и ПНР нельзя проводить - закрывайте первый этап процентом по смете, с мотивированным отказом от продолжения ПНР. После устранения замечаний проведете повторно этот этап ПНР.

Учтите, что МДС учитывают технологию работ соответствующего СНиПа. Для ФЕРп1 - это СНиП 3.05.06-85. Для данного случая - пункт 4.6. Пусконаладочная организация должна разработать рабочую программу, ППР и передать заказчику замечания по проекту, выявленные при разработке программы и ППР.
Нормами и расценками - учтены эти работы.