Генподрядчик с Субподрядчиком

Как правильно отобразить взаимоотношения Генподрядчика с субподрядчиком?
Есть какие-то" рекомендации по определению стоимости услуг оказываемых генподрядными орг. субподрядным орг." но в инете их найти не предоставляется возможным.
Если в договоре например четко написать ,что субподрядчик будет платить генподрядчику 5% от сметной стоимости выполненных работ, то как потом эти 5% учитывать? Из акта КС-2 и в КС-3 перед НДС вычитать? или все таки это будет гемор для бухгалтерии, которая должна будет выставлять счет генподрядчику? А в актах это никак не отражено будет.
Не знаю как правильно (тем более что бухи упираются и не хотят никаких счетов выставлять). Вы как поступаете?
Подскажите, научите, плиз!!!!

Бухгалтерия выставляла счет

В актах КС-2 и КС-3 генуслуги не отображаются (Это унифиц. формы и такие строки в них не присутствуют). Правда, по требованию Генподрядчика (есть у нас один такой), можно СПРАВОЧНО указать где-нибудь в уголке листа размер г/услуг. Кроме того, Генподрядчик должен оплачивать Субподрядчику всю сумму по акту без вычета генуслуг, а потом Субподрядчик на основании предъявленных Генподрядчиком документов производит оплату г/услуг. У нас оформление генуслуг происходит следующим образом: ежемесячно Генподрядчик выставляет нам (Субподрядчику) акт на Генуслуги (произвольная форма)и счет-фактуру.

Огромное спасибо всем!!!!..
значит бухам не отвертеться